بر اساس مطالعات صورت گرفته به نظر میرسد که در دوره اسلامی، ساخت و سازهای بیشاپور بر اساس ساختار شهری دوره ساسانی آن و تنها با دگرگونیهای اندکی ادامه پیدا کرده است. از جمله این دگرگونیها میتوان به گسترش سکونتگاهها و خانههای معمولی از حاشیه شهر به مرکز آن (بخش شاهی) اشاره کرد. همچنین بخشهای جنوبی و باختری شهر که در دوره ساسانی عمدتا شامل باغ بوده است، در دوره اسلامی مسکونی گردید. برخی بناهای عمده دوره اسلامی در شهر شناخته شدهاند که از جمله آنها میتوان به مسجد بیشاپور و یک مدرسه اشاره کرد. شهر دوره اسلامی بیشاپور تا سده چهارم هجری رونق داشته و از این تاریخ به تدریج رو به ویرانی رفته است. ابن بلخی شهر را در سده ششم ویرانه خوانده است.