خندق شهر بیشاپور که بر اساس مطالعات و کاوشهای انجام شده دارای مقطعU شکل است، در امتداد ضلع شرقی و جنوبی شهر که مشرف بر دشت بوده ایجاد شده. از گوشه شمال شرقی، نزدیک به کوهی که قلعه دختر بر روی آن بنا شده آغاز می‌شود پس از امتداد در طول شرقی شهر، با ایجاد انحنا و قوس در مسیر ضلع جنوبی، به ضلع غربی منتهی می­شود. در کنار خندق، حصار شهر ساخته شده است. ارتفاع دیواره خندق در ضلع شرقی در حدود 50/7 متر و میانگین عرض خندق نیز در حدود 953/33 متر است. طول ضلع جنوبی خندق در راستای روستای اسلام آباد حدوداً 950 متر و طول ضلع شرقی در حدود 1466 متر است. خروجی آب خندق در گوشه غربی شهر و در کنار رودخانه ایجاد شده و دهانه آن در حدود 36 متر است. تنها راه ورودی آب به خندق نیز از طریق رودخانه شاپور بوده است.