بازمانده‌های مسجد بیشاپور در بخش جنوبی این محوطه قرار گرفته است. نقشه این بنا بر اساس سبک مساجد دوره آغاز اسلامی همانند مسجد جامع استخر، سیراف و شوش ساخته شده است.پلان کلی مسجد، مستطیلی شکل و بنای آن دارای یک حیاط مرکزی و تالارهای ستوندار در اطراف است. ستونهای مسجد با سنگ و به صورت مدور ساخته شده و پایه ستون­هایی مربع- مکعبی شکل دارند. به نظر می­رسد از مصالح برخی بناهای ساسانی شهر در ساخت مسجد استفاده شده است.